Secara garis besar PCI NU Sudan mempunya 4 misi yaitu :
- Menumbuhkembangkan semangat keilmuan.
- Menyiapkan generasi Nahdlatul Ulama yang siap menjawab tantangan globalisasi modern, berkemampuan cukup dalam bidang spiritual, lahir, serta pemikiran.
- Memberikan pelayanan kemasyarakatan.