Dalam perjalanan sejarahnya, saat ini PCI NU Khartoum Sudan telah masuk pada period kesebelas untuk mengemban amanat kepengurusannya. Periode yang dialami PCI NU Sudan terbagi dalam dua:
1. Periode Ta’sis
Yaitu tiga periode kepengurusan pertama sebagai periode peletak dasar dan konsolidasi baik dalam aspek Jam’iyah maupun Jama’ah, periode ini dimulai :
- Masa khidmat 2000-2001 dipimpin oleh Bapak Dr. H. Ahmad Sayuti Anshori Nasution sebagai Rois Syuriah dan Bapak H. Ahmad Sangid, MA. sebagai Ketua Tanfidiziah.
- Masa khidmat 2001-2002 dipimpin oleh Bapak Dr. H. Syuhada’ Sholeh, sebagai Rois Syuriah dan Bapak H. Hafidz Muhammad Amin, M.Ed. sebagai Ketua Tanfidziah.
- Masa khidmat 2002-2003 dipimpin oleh Bapak H. Muhammad Shofwan, MA. sebagai Rois Syuriah dan Bapak H. Lathoif Ghazali, MA. sebagai Ketua Tanfidziah.
Yaitu periode pengembangan dan perbaikan organisasi di berbagai bidang terutama hubungan antar lembaga internasional baik secara formal maupun non formal, sekaligus pemantapan visi dan misi baik ke dalam ataupun keluar. Periode ini dimulai setelah periode Ta'sis hingga sekarang.