Nahdlatul Ulama Cabang Istimewa Khartoum Sudan didirikan pada tanggal 1 Muharram 1420 H, bertepatan dengan tanggal 6 April 2000 M, bertempat di Masjid Agung Khartoum Sudan dengan dikomandani oleh Bapak Dr. H. Ahmad Sayuti Anshori Nasution, MA sebagai Rois Syuriah dan Bapak H. Muhammad Sangid, MA sebagai Ketua Tanfidziah, periode 2000-2001 M.
Berdirinya PCI NU Khartoum Sudan tidak lepas dari kebutuhan untuk belajar berorganisasi, berdakwah dan bermasyarakat. Meskipun banyak tantangan dan rintangan, baik ekstern maupun intern, tapi al-hamdulillah berkat rahmat dan inayah Allah Subhanahu wa Ta’ala PCI NU Khartoum Sudan tetap eksis sampai sekarang.